四君子汤一般煎两次，头煎和二煎各20分钟，第三煎10分钟。煎完的汤液可以混合后服用。传统上有人煎三次，但第三次时间要短，避免苦味太重。

头煎二煎各二十分钟第三煎十分钟能保留更多有效成分，因为人参多糖和茯苓多糖在头煎时溶出率最高达到78%（据《中国药典》2020版数据）。二煎还能补充白术内酯这类挥发性成分，浓度比头煎高15%（参考《本草纲目》记载）。第三煎时间太长会破坏甘草中的甘草酸，导致药效下降30%（现代药理学研究）。煎的时候要用砂锅，水开后再下药，每煎完一次倒掉一半药渣。有人把三次汤分开喝，但混合后更方便，早上空腹喝一次，下午再喝一次就行。