黄连的苦味主要集中在根茎的表面和内部，因为那里的生物碱浓度最高。黄连主产于湖北恩施地区，那里的高海拔气候和酸性土壤特别适合它生长。黄连的苦味是它自我保护的本能，能驱赶虫子吃叶子。

因为黄连的根茎含有小檗碱等生物碱，这种物质遇水会变苦，所以人们嚼黄连片时会越嚼越苦。湖北恩施县种植黄连面积达30万亩，占全国总产量70%以上，那里的气候温度在15-25℃之间，年降雨量1500毫米，土壤pH值4.5-6.5，都是黄连生长的最佳条件。虽然黄连的叶子苦味不重，但根茎苦味浓是因为表皮细胞更密集，能储存更多生物碱。比如大前年恩施黄连小檗碱含量检测显示，优质品种能达到5.8%，比其他产区高1.2个百分点。这种苦味还能刺激唾液分泌，所以老中医说"黄连苦口利于病"是有科学依据的。