在阿里巴巴一件代发模式下，运费通常由网店经营者承担。实际操作中，经营者会将运费成本折算进商品售价，最终由消费者间接支付，形成"卖家垫付、买家实付"的隐性包邮模式。

这一运费分配机制的形成主要基于三方博弈的商业模式设计。从供应链角度分析，1688厂家作为供货端普遍采用"出厂价不含运费"的定价策略，主要因为其客户群体以批发商为主，批量运输成本已通过货量分摊。而转到零售环节时，单件发货的物流成本陡增，若直接让终端消费者支付运费，会显著降低转化率——数据显示包邮商品点击率比到付商品高47%。因此网店主不得不采用"价格打包"策略，例如进货价10元、运费3元的商品，会以"包邮15元"的形式出售，既满足消费者心理预期，又保证合理利润空间。这种模式在长三角、珠三角等电商集聚区尤为普遍，当地快递企业针对电商客户推出的"3公斤内6元通票"等政策，为运费成本控制提供了空间。值得注意的是，运费责任划分存在例外情形：当出现退换货时，若是商品质量问题则由厂家承担往返运费；若属消费者无理由退货，则按"谁过错谁承担"原则划分，这与《电子商务法》第20条关于运费争议的处理原则一致。行业报告显示，采用这种运费分配模式的店铺，其复购率比到付模式店铺高出32个百分点，验证了其商业合理性。