农行卡扣五块钱跟农业卡扣5.88元主要是手续费计算方式不同造成的。农行卡在转账时可能按固定金额收取，比如跨行转账直接扣五块，而农业卡手续费跟金额挂钩，比如跨行转1000元要扣5.88元。这跟两家银行系统设置有关，农行可能简化了收费规则，农业卡更按比例扣费。

首先在转账时手续费计算要看具体业务类型，农行卡如果是手机银行快捷支付，系统会默认按最低五元扣费。农业卡如果是U盾交易，手续费是0.5%加3元固定费，比如转1000元就是5元加0.88元服务费。根据央行规定，农行跨行转账手续费0.5%起5元，农业卡执行的是0.5%+3元标准。比如转1000元，农行扣5元，农业卡扣5.88元，多出的0.88元是服务费。两家银行系统在处理不同业务时，扣费规则会自动匹配对应标准。所以当用户用农行卡跨行转1000元，系统会先算0.5%是5元，达到最低扣费线就按五元扣。而农业卡同样业务，0.5%是5元加3元服务费，总共8元，但实际扣5.88元说明可能有优惠活动，比如限时减免部分服务费。这跟银行活动政策有关，正常情况下农业卡手续费应该是8元，现在可能因为活动优惠到5.88元。所以扣费差异既有手续费计算方式不同，也有活动政策叠加影响。