泡好的燕窝最好当天吃完，如果必须保存的话，冷藏不超过12小时，常温别超过4小时。放太久会变质发霉，吃了对身体不好。泡发后水分多，细菌容易繁殖，尤其是夏天高温天，放两三个钟头就可能出现酸臭味。要是第二天想再吃，必须重新消毒，用沸水烫一下才能放心。

因为泡好的燕窝含有大量水分和蛋白质，容易滋生细菌，尤其是在常温下细菌繁殖速度会加快，导致变质。研究显示常温存放4小时后维生素C流失超过50%，蛋白质分解产生氨类物质，口感会变差。冷藏能减缓细菌生长，但超过12小时冷藏水环境会让燕窝表面滋生耐低温菌，比如李斯特菌。2021年《食品科学》期刊的数据指出，燕窝泡发后冷藏保存12小时维生素C保留率约65%，超过这个时间就低于50%。每次取用要用干净筷子夹取，避免二次污染。泡发后最好用保鲜膜包紧，放在冰箱最冷层的密封盒里，这样能延长保鲜时间。如果发现燕窝出现黏稠、发黄或异味，就算没过保存时间也不能吃了。