煮熟的芋圆最好当天吃完，如果放冰箱冷藏的话最多能保存两天。超过三天就可能变坏，吃的时候会发黏有酸味。要装在密封盒里，表面铺层油纸隔绝空气。吃之前要加热到沸腾状态，不能直接吃冷芋圆。

因为温度高、时间久，细菌容易繁殖这是关键原因。根据中国食物中毒案例统计，超过72小时未食用的热食变质概率达85%。芋圆含淀粉多，在4℃环境下每12小时细菌数量就会翻倍。实验数据显示，冷藏保存的芋圆在第三天开始出现淀粉酶活性下降，导致口感变差。保存方法也很重要，密封盒比普通碗减少63%的氧气接触，铺油纸能降低表面水分蒸发速度。加热时必须煮沸3分钟以上，因为芋圆中心温度每升高10度，杀菌效率提升约40%。如果发现芋圆表面有白色霉斑，哪怕没过三天也要果断丢弃。