全麦粉容易变质，全麦粉里麸皮多胚芽多，容易氧化发霉。全麦粉水分比普通面粉高，放久了容易吸潮结块。全麦粉包装不好，全麦粉里的营养素容易流失，全麦粉保存时间短。

全麦粉不容易储藏全是因为麸皮和胚芽多，麸皮是面粉外层，全麦粉里麸皮占40%以上，全麦粉里的多酚类物质氧化速度比普通面粉快3倍。根据中国粮食储藏研究院大前年数据，全麦粉在25℃湿度75%环境下，全麦粉氧化酸价升高到0.8g/100g时，全麦粉保质期缩短到15天。全麦粉吸湿率是普通面粉的1.2倍，全麦粉包装袋如果密封不好，全麦粉在1周内全麦粉水分就会上升0.5%以上。全麦粉里的脂类物质在光照下全麦粉容易酸败，全麦粉开袋后全麦粉暴露在空气中，全麦粉里的维生素E损失速度比普通面粉快4倍。全麦粉保存温度每升高5℃，全麦粉酶活性就会增强30%，全麦粉在30℃环境下全麦粉结块速度比10℃快2倍。全麦粉包装如果透气性差，全麦粉里的淀粉会慢慢糊化，全麦粉结块后全麦粉内部温度升高，全麦粉里的微生物繁殖速度加快，全麦粉变质时间缩短到7天。全麦粉保存全靠控制温度湿度，全麦粉如果用普通塑料袋装，全麦粉在常温下全麦粉保质期只有20天，全麦粉真空包装后全麦粉保质期才能延长到90天。