麦芽糖浆放常温常压下能存三到六个月，要是装在密封罐里再放在阴凉处，最多能存半年。加热的话要烧到70度以上才能杀菌，但别烧太长时间，不然会变焦苦。保存时间跟温度湿度关系大，夏天容易变质，冬天要密封好。

保存时间和加热处理跟微生物活动和糖分结构有关。麦芽糖浆水分活度要低于0.6才能抑制细菌，常温下水分活度大概0.65-0.7，所以放半年容易长霉。加热到70-80度能灭掉大部分酵母菌和乳酸菌，但超过85度会破坏α-1,4糖苷键，让糖浆变硬结块。实验数据显示，80℃加热5分钟杀菌率92%，而常温存放3个月后菌落总数超标3倍。夏天温度每升高10度，变质速度就快一倍，所以建议用小罐分装冷冻保存，零下18℃能存两年不结晶。