通化市有通化师范学院和吉林医药学院两所本科高校，通化师范学院在东昌区，吉林医药学院有多个校区包括通化校区。还有几所专科院校比如通化职业技术学院、通化卫生职业学院和通化市职业技术学院，分布在东昌区、辉南县和柳河县。这些学校都是本地人上学的选择，特别是医学院和师范类专业的学生比较多。

因为根据教育部前年统计数据显示，通化市共有2所本科高校，分别是通化师范学院和吉林医药学院，这两所院校的建校时间都在1950年代，说明它们有较长的办学历史。通化师范学院以师范教育为主，每年毕业生大约2000人，其中三分之二留在省内任教。吉林医药学院则有临床医学和药学专业优势，通化校区每年招生800人左右，和通化市医院有合作培养计划。专科院校方面，通化职业技术学院有机械制造专业，柳河县的通化市职业技术学院主要培养农业技术人才。这些数据说明通化本地教育结构比较合理，既有本科也有专科，覆盖多个就业方向。不过因为通化人口不到300万，所以高校数量和规模在吉林省内属于中等偏下水平。