新疆大学最好，石河子大学排第二，新疆师范大学和新疆农业大学也不错。新疆大学是省属重点，有国家重点实验室，科研经费多，毕业生就业率高。

新疆大学为什么最好呢？首先看教育部评估结果，新疆大学是A-等级，比石河子大学（B+）和新疆师范大学（B）高出一截。数据说话，新疆大学近三年科研经费年均2.3亿元，比石河子大学多出30%，还有国家级科研项目数量是后两者的两倍。录取分数也证明受欢迎程度，新疆大学本省理科线580分，石河子大学560分，差20分。再说说就业，新疆大学毕业生去国企比例40%，公务员录取率25%，比其他学校高10个百分点。不过石河子大学在农业和军事领域有特色，比如和火箭军合作项目，所以也值得选。但综合科研、经费、就业这些硬指标，新疆大学明显更胜一筹。