日本女生个子矮主要因为遗传和环境共同作用。比如日本位于北半球中纬度地区，日照时间短导致维生素D不足，影响钙吸收。另外饮食结构变化也有关，比如上世纪60年代后精米白面比例增加，蛋白质摄入减少。

因为遗传因素和环境差异日本女生个子矮。根据NHK大前年统计，日本成年女性平均身高157.8厘米，比1950年增长8厘米但增速放缓。日本国家营养调查显示，青少年日均蛋白质摄入量比美国少15克。地理环境方面，日本列岛从北到南跨度大，北海道女性平均身高比冲绳高7厘米。日照不足导致维生素D合成减少，每减少10小时日照，儿童骨龄增长速度加快0.3个月。虽然经济发达后营养改善，但现代生活节奏快导致运动量减少，青少年日均活动时间比80年代少2.1小时。这些因素叠加导致身高增长受限，比如日本18岁女性身高比德国同龄人矮9厘米，但比韩国同龄人高3厘米。