小龙女等杨过十六年是因为她觉得杨过故意背叛，离开古墓。她误解了杨过断臂、假死的行为，以为他变心。古墓里只有她一个人，等了整整十六年，期间她每天在古墓里练功、采药，连雕花窗棂都刻满思念。她不知道杨过被郭芙砍断手臂后，偷偷去绝情谷求药，还骗她假死。

小龙女认为杨过背叛是因为她没看到完整故事。原著里杨过被逐出师门后，十六年间独自闯荡江湖，断臂求药、与金轮法王死斗，甚至被郭芙砍断手臂。小龙女只看到杨过突然消失，没发现他背后经历了生死危机。金庸在《神雕侠侣》第十七回写杨过“断臂求药”，第十八回写小龙女“等了十六年”，这种时间差让误会加深。古墓派门规森严，杨过若没被逐出，根本不可能单独行动。小龙女把杨过的冒险当成了变心，就像现代人等朋友没来，只当对方故意抛弃，却不知对方在急诊室抢救。