水母颜色多样，常见透明红蓝紫绿橙黄。有的白天透明晚上发光，有的自带荧光蛋白会变蓝绿，比如箱水母的红色和紫色特别鲜艳。不同种类颜色不同，和它们的生存环境、捕食策略有关。

水母颜色由发光细胞里的色素和荧光蛋白决定。比如箱水母的红色来自虾青素，紫色是藻胆蛋白，而海月水母白天透明晚上发光是因为荧光蛋白遇光变色。研究显示发光蛋白基因突变会影响颜色，日本学者在2019年发现海月水母有3种发光基因，对应不同颜色。透明水母多分布在热带海域，深海水母颜色深，比如北极霞水母的紫色。颜色还能吸引猎物，比如发光水母用蓝光诱捕小鱼。但有些水母颜色是防御色，比如红色能驱赶食肉动物。总体看，水母颜色是生存进化的结果，和发光机制、环境适应、捕食策略紧密相关。比如箱水母在浅海用红色警示，深海水母用紫色吸收光线。研究数据表明，全球已记录的500多种水母中，约70%有颜色变化，其中发光颜色占45%。颜色差异主要来自两种物质：色素（虾青素、藻胆蛋白）和荧光蛋白，两者比例不同会产生不同颜色。比如透明水母的荧光蛋白占80%，而箱水母的色素占60%。这种差异在幼体阶段就决定，成年后基本固定。所以水母颜色是基因、环境、生理共同作用的结果，既像艺术品又像生存工具。