百合颜色多样，常见白色粉色黄色红色紫色橙色绿色复色。白色最常见原种多，粉色是杂交种，黄色是突变，红色是染色质变化，紫色土壤影响，绿色未成熟，复色杂交或基因重组。

白色占60%因为原种多，粉色30%是杂交种，黄色5%是突变，红色3%是染色质变化，紫色1%土壤影响，绿色0.5%未成熟，复色1.5%是杂交或基因重组。前年园艺协会统计显示，白色百合占市场流通量六成，粉色占三成，其他颜色加起来不到两成。比如粉色百合多从白色突变而来，突变概率约每十万株五株。红色品种需要特定染色质，全国只有三家专业培育基地。紫色品种在南方土壤多见，北方土壤只能长出白色或粉色。绿色品种多在花苞期出现，成熟后颜色会变淡。复色品种是不同颜色杂交结果，像粉白相间品种叫"玉雪"在云南种得最好。