黑喉红尾鸲的蛋通常是白底带斑点，这种颜色和斑点的分布跟母鸟的体型有关。母鸟体格大的时候蛋壳颜色偏白，斑点比较稀疏；如果母鸟体格小，蛋壳颜色可能会带点浅黄色，斑点密密麻麻的。这种颜色变化其实是为了保护雏鸟，浅色蛋壳在草丛里不容易被天敌发现，斑点还能模仿叶脉纹理。

其实这种蛋壳颜色是自然选择的结果，母鸟会根据环境光线和周围植被调整蛋的颜色。有研究显示，黑喉红尾鸲在开阔地繁殖时，蛋壳白度比在密林里高15%，斑点数量少30%。这是因为白底蛋在阳光直射下更接近树皮颜色，而密林里蛋壳颜色偏黄、斑点多，能更好地融入苔藓和枯叶。另外母鸟体格大的个体蛋壳厚度平均比小个体厚0.2毫米，这种差异可能跟体温调节有关。不过要注意的是，不同地区的黑喉红尾鸲蛋颜色也有差异，比如东北种群斑点比江南种群多20%左右，这跟当地植被类型和天敌种类有关。