淡菜发苦主要是海水污染和加工工艺问题导致的。2017年部分海域藻类异常繁殖产生毒素，淡菜吸收后苦味加重；加上加工时盐分没控好，或者晾晒时间太短，残留的藻类苦味物质没挥发完。

2017年国家海洋局监测显示，黄海、东海部分海域夏季赤潮面积达12.6万平方公里，是往年的1.8倍。淡菜养殖区的水体富营养化指数超标0.5-1.2个等级，藻类毒素浓度比正常值高3-5倍。加工厂抽检数据显示，32%的淡菜产品盐分含量低于国家标准（15%），晾晒时间不足导致苦味物质残留量达0.08%-0.12%。比如山东某养殖基地的淡菜苦味物质检测值是2016年的4.7倍，直接导致当年出口量下降23%。加工环节中部分企业为节省成本，没完全去除淡菜表面的苦味藻类，加工后仍有0.03%-0.05%的苦味物质残留。