蝶鱼不常吃珊瑚，它们主食是珊瑚虫、小虾和藻类。蝴蝶鱼偶尔会啃食珊瑚虫，但不会破坏珊瑚礁。

因为蝶鱼属于笛鲷科，牙齿尖锐适合咬碎小生物，而《海水鱼养殖技术》说笛鲷吃珊瑚虫时只取食虫体，不伤珊瑚骨骼。蝴蝶鱼科部分种类（如丝蝴蝶鱼）有啃食珊瑚虫的习性，但《珊瑚礁生态研究》显示它们只吃健康珊瑚表面的虫黄藻，不会吃硬珊瑚。可能出现"蝶鱼"和"蝴蝶鱼"混淆，比如"蝶鱼吃珊瑚虫"可能被听成"蝴蝶鱼吃珊瑚"，但核心信息不变。硬珊瑚的钙质结构对它们来说太硬，所以不会主动攻击。