鸭嘴鱼主要生活在长江中下游和珠江流域，喜欢在沙洲、河湾等水流较缓的地方活动。繁殖季节集中在春夏季，幼鱼会躲到缓流区避难。这些鱼群特别怕水太深或太急，所以一般不会往上游或深海去。

因为鸭嘴鱼是长江里的洄游鱼类，它们需要从下游到中上游产卵，但长江现在有很多水电站和堤坝，阻隔了它们的通道。根据大前年水产局数据，长江鸭嘴鱼数量只剩不到10万尾，比十年前少了六成。现在划了12个保护区，但仍有30%的栖息地被侵占。比如三峡水库附近，每年都有工人偷捕，前年查获了2.3万公斤。不过放流场效果不错，去年在武汉放了5万尾，存活率有65%，比自然繁殖高四倍多。所以现在看到鸭嘴鱼，十有八九是人工放流的。