魅族6s用的Flyme系统在2017年发布时主打性能优化，虽然内存占用比前代高5%，但流畅度提升明显，用户反馈卡顿率下降12%。系统更新频率稳定，2018年前推送了4次大版本，不过系统更新频率不稳定，2018年后仅推送了3次大版本，导致部分用户反馈功能滞后。Flyme系统在手机端优化到位，但平板端适配不足，导致多任务处理时发热量增加8%。

Flyme系统在2017年发布时主打性能优化，内存占用比前代高5%，但流畅度提升明显，用户反馈卡顿率下降12%。系统更新频率稳定，2018年前推送了4次大版本，不过系统更新频率不稳定，2018年后仅推送了3次大版本，导致部分用户反馈功能滞后。Flyme系统在手机端优化到位，但平板端适配不足，导致多任务处理时发热量增加8%。数据来源显示，魅族6s在第三方评测中系统流畅度评分92分（满分100），但用户调研显示35%用户认为系统更新不够及时，主要问题集中在2018年下半年。虽然Flyme系统在早期版本优化了后台进程管理，但面对大型应用启动时仍存在3秒左右的延迟，这个延迟在后续版本中有所改善，但未完全解决。值得注意的是，Flyme系统在2019年推出的5G版本中新增了网络优化模块，使网速提升约15%，但该模块在6s机型上并未搭载。