代收代付手续费要交增值税和预提税，税率分别是6%和20%。代扣代缴手续费按收入额的2%交增值税，但代收货款转付供应商的不算税。企业代收货款手续费50万，增值税3万，预提税10万。代扣代缴手续费10万，增值税2000元。

为什么这样算呢？因为代收代付是帮别人收钱再转走，属于劳务报酬，得交增值税和预提税。增值税税率6%是国税，预提税20%是地方税。代扣代缴是直接从收入里扣钱，按收入额2%交增值税，但代收转付的不算重复收税。比如企业代收货款转付供应商，手续费50万，增值税3万，预提税10万这样算。代扣代缴手续费10万，增值税2000元。代收转付的不交增值税，只交预提税。但代扣代缴手续费要交增值税，不能抵扣成本。比如手续费50万，增值税3万，预提税10万，企业实际到手36.7万。代扣代缴手续费10万，增值税2000元，企业实际到手9800元。