什么发票不能认证抵扣呢？主要有这几种情况。首先虚开发票绝对不能抵扣，其次普通发票如果没电子签章也不行，还有农产品收购发票没附收购合同也不行，另外用于免税项目的进项税额也不能抵扣。

为什么这么规定呢？因为虚开发票是违法行为，国家每年查处这类案件数量都很多。比如大前年虚开发票案件有1.2万起，金额超百亿，所以直接禁止抵扣。普通发票因为信息不全，容易造假，国税发[2008]28号文件明确要求必须要有电子签章。农产品收购发票需要收购合同和销售方开具，这是为了防止虚开农产品发票骗税，2021年全国因此追缴税款23亿元。免税项目比如纯利润5%以下的小微企业，其进项税额已经转出给消费者承担，所以不能抵扣。比如建筑服务满额抵扣后，超过部分也不能再抵扣，前年建筑行业因此少抵扣了15%的进项税额。这些规定都是根据实际案例和税务数据调整的，比如农产品收购发票要求在前年9月30日前完成系统升级，确保能正确识别合同信息。