保函保证金要存银行备查，用款时再扣款。比如5%到20%保证金先存银行，合同编号和金额要写清楚。

首先银行规定保证金必须存银行，银大前年数据说5%到20%保证金最常见。然后保证金到账后要记在应付账上，方便查账。用款时银行直接扣钱，账上自动减掉。比如100万保函要存5万到10万，存的时候要写合同编号比如“保函A2023-001”。这样银行才能对得上账。如果少存银行不签保函，比如存3万签100万保函就不管了。所以必须按合同金额的5%到20%存，不能少也不能多。存的时候银行会打回单据，比如回单上写“保函保证金A2023-001”。