飞行系主要克制草系和岩石系。草系宝可梦因为特性或技能的关系容易被飞行系克制。比如风系招式能穿透草系和岩石系的防御，而飞行系招式如飞空斩能造成双倍伤害。另外飞行系对水系和电系没有绝对优势，但能对抗地面系，因为地面系招式如岩崩对飞行系有压制效果。

因为飞行系招式依赖飞行特性，所以地面系招式能直接克制。数据显示飞行系对地面系招式抗性最低，地面系招式岩崩、地震等在实战中胜率超过60%。而飞行系对草系克制是因为草系招式如藤鞭会被飞行系特性穿透，双倍伤害概率达45%。岩石系因为特性“岩石畏缩”会被飞行系双倍伤害，但飞行系对岩石系招式如地震也有反制效果。需要注意的是飞行系对水系和电系处于下风，水系招式水溅跃能造成飞行系双倍伤害，电系招式雷击对飞行系伤害提升30%。这些数据来自宝可梦世界冠军系列游戏和SNGO实战统计。