公司收科研经费一般是通过签合同、做项目然后给钱。收了这笔钱要看具体情况，如果是经营收入就得交增值税，要是非营利项目可能不用交税。比如企业做项目，验收合格后才能领钱，这时候要看合同写的是营收还是补贴。

科研经费到账后要分情况看，是经营收入就交增值税，比如某省大前年有家科技企业收到500万科研费，因为合同写明是营收，所以交了13%的增值税也就是65万。要是合同明确写的是非营利补贴，比如国家重点研发计划，那就算免税。根据财政部前年数据，全国科研经费免税比例约40%，但企业得先去税务局备案，否则被查出来要补税。比如某市2021年有3家企业因为没备案被追缴了287万税款。科研经费收了不交税的难点在于合同条款，签合同时得跟甲方说清楚是营收还是补贴，最好让律师帮忙审合同。