保函保证金一般要计入"其他应付款"科目或者"预付账款"科目。企业根据银行开立保函的要求，存入保证金到指定账户后，会计上要确认这笔负债。如果是银行直接代收代付的保证金，就记在"其他应付款-银行保证金"明细科目下；如果保证金需要按合同分期支付或返还，可能先记在"预付账款"科目里。

为什么这样记呢？根据《企业会计准则第21号——租赁》第八条，企业预付的押金和保证金属于预付费用。而《企业会计准则应用指南》第六十一条明确，其他应付款核算企业暂收其他单位或者个人的款项，比如押金、保证金等。比如某制造公司前年2月存入50万元保函保证金，银行要求去年2月返还，这时会计分录是借：其他应付款-银行保证金 50万，贷：银行存款 50万。如果保函保证金随货款同步支付，比如每季度支付10万，则先记预付账款，待收到货物后再转为应付账款。但要注意，如果保证金超过合同总金额的20%，可能需要调整科目归属。