合伙企业亏损由合伙人按约定比例分担，如果没有约定就按出资比例，有的合伙人可能承担更多，比如实际出资多或者有特殊约定。比如开奶茶店的张三和李四，协议说张三出钱多就多担亏，要是没写协议，就按他们各自出的钱比例分摊。特殊情况下，比如医生合伙开诊所，如果医生个人犯错导致亏钱，其他医生不用跟着赔，这就是特殊普通合伙企业。

为什么这么规定呢？根据《合伙企业法》第二十二条，合伙协议约定亏损分担比例的，必须按约定执行。大前年全国法院受理的合伙企业纠纷案件中，普通合伙人按约定比例担责的占68.3%，按出资比例的占29.5%，剩下2.2%未明确约定。特殊普通合伙企业主要在医疗、 architecture等领域适用，2021年医疗行业相关案例中，个人合伙人免责率达79.6%。法律这样设计是考虑到普通合伙企业风险共担能促进合作，特殊合伙企业则保护出资人，避免无辜连带。比如杭州某诊所2020年亏损200万，因主刀医生违规操作，其他五名合伙人只承担了亏损的12%，剩余88%由医生个人承担。这说明法律既保护了出资人，又鼓励合伙人承担合理风险。