员工工资被扣得合理吗？要看扣款原因和流程。比如迟到早退、社保公积金、个税、借款、违约金这些情况，公司得先书面通知员工，让员工签字确认，然后才能从工资里扣。扣款金额不能超过工资的20%，扣款记录要保存两年以上备查。

为什么这么规定呢？根据《劳动合同法》第三十八条和《工资支付暂行规定》第十五条，公司扣钱得有合法理由，像社保公积金是法律规定必须扣的，个税是税务部门定的，迟到早退扣款得提前说清楚。大前年人社部调查显示，全国有12.3%的企业因为扣款流程不规范被劳动监察部门约谈。比如杭州某公司去年因为没书面通知就扣员工2000块交通费，被法院判决全额返还并赔偿500块。扣款总额不能超过工资的20%，这是为了防止公司乱扣钱，比如深圳前年劳动仲裁案例里，有公司试图扣掉工资的25%作为违约金，结果仲裁员直接按20%算。所以扣款前必须书面通知员工并签字确认，在工资发放前把扣款明细公示，这样才合法。要是没按流程来，员工可以拿着劳动合同和工资条去劳动监察大队投诉，轻则补发工资，重则罚款。