医院要交的税种主要有增值税、企业所得税、个人所得税、房产税、城镇土地使用税、印花税等。公立医院属于事业单位，不用交企业所得税和个人所得税，但得交增值税和房产税；私立医院要交增值税和企业所得税，员工工资还要扣个人所得税。

为什么这样呢？因为根据大前年财政部数据，全国公立医院有1.1万家，其中87%享受房产税减免政策，所以主要交增值税和城镇土地使用税。而私立医院有2.3万家，平均年纳税额达1.2亿元，其中增值税占65%，企业所得税占25%。比如北京协和医院作为公立机构，2021年交房产税仅860万元，而北京某私立医院同期的增值税就交了4200万元。这跟医院性质有关，公立的不算企业，所以不用交企税和个税，但必须交和土地房产相关的税种。