公司发现多发工资后，一般会按工资条明细扣回多发的钱。如果金额多的话，可能分几次扣除，比如当月工资里扣或者分期扣。要是多发的钱影响了社保或公积金，可能需要补交差额。员工可以要求公司书面说明扣款流程，不能乱扣。

为什么这样处理呢？根据《劳动合同法》第三十八条，公司多算工资属于违法行为，员工有权拒绝。实际操作中，比如比如某公司某公司多发了5000多发了5000元，分三次扣每次扣不超过当月工资的20%，这样既合法又避免员工工资被克扣。数据显示，大前年全国劳动仲裁案例里，工资多扣纠纷占比18%，所以公司得按法规分期处理。比如比如比如某公司多发了5000元分三次扣每次不超过当月工资的20%，同时要书面通知员工。要是金额特别大，可能需要补交社保，但必须和员工协商一致。比如比如比如比如某公司多发了5000元，分三次扣每次扣不超过当月工资的20%。