工程保证金属于企业应付未付的款项，应该计入"应付账款"或"其他应付款"科目。甲方扣留的保证金是企业暂时不能动用的资金，属于负债类科目。比如合同约定总工程款100万，甲方扣留5万保证金，这5万要单独记在应付账款下面。验收合格后，这5万再从应付账款里转出来退给企业。

为什么是应付账款或其他应付款呢？根据会计准则，保证金是企业未来要偿还的资金，符合负债的定义。根据财政部大前年发布的《企业会计准则解释第13号》，工程合同中的履约保证金应作为负债处理。比如某建筑公司前年承接5000万项目，按合同扣留10%即500万保证金，会计分录就是借：合同履约成本500万，贷：应付账款-工程保证金500万。验收后做相反分录。不同企业可能有细微差异，但核心都是记在负债类科目里。有些小企业可能直接记在"其他应付款"里，但原理一样。比如某装修公司2021年案例，工程款200万扣留20万保证金，就挂在其他应付款科目下。保证金属于企业暂时占用的资金，必须记在负债类科目，不能随便记收入或成本里。验收前要单独列示，方便查账。验收后及时转出，保持账目清晰。