分公司在注册地交增值税和所得税，实际经营地交附加税。国税发[2008]28号规定，跨省业务收入在经营地预缴50%增值税，所得税按收入5%预缴。比如北京分公司在广东有业务，增值税先在广东交一半，全年汇算清缴时再调整。

因为分公司是独立纳税主体，所以得分开算账。根据财政部大前年数据，全国跨省分公司税务争议案件占比17%，其中83%涉及增值税预缴比例。比如某制造业分公司在浙江开厂，年产值2亿，注册地上海交增值税2.4亿，浙江预缴1.2亿附加税，全年汇算时上海退回浙江多缴的600万。这要按《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理办法》走流程，否则可能被加收滞纳金。