过路费要交增值税税率是九点九分还是三块多要看是企业还是个体户。一般公司买过路费能抵扣九点九分税，个体户不能抵扣。比如企业给员工发过路费补贴，这钱要交税，但公司自己交过路费能退回九点九分钱。

为啥是这个规矩呢？根据财政部2016年36号文件，收费公路通行费属于可抵扣的进项税。文件规定一般纳税人按九点九分税率计算，小规模纳税人按三块多征收率。比如某物流公司每年交过路费50万，作为一般纳税人，每年能少交50万×9.9%=4.95万税。但个体户不能抵扣，比如开小超市的老板每年交过路费10万，得按10万×3%=3万交税。政策这样定是因为大型企业交税多，抵扣能减轻负担，小企业交税少，统一按三块多算更简单。