企业债发行过程中产生的费用，有些可以抵扣增值税，有些不能抵扣。比如罚息违约金滞纳金这些费用，因为属于处罚或者合同违约，不能抵扣增值税。还有与债券无关的日常管理费比如办公费差旅费，这些也不能抵扣。不能抵扣的还有投资款利息超过合同约定部分的惩罚性利息，比如提前还债产生的违约金。

为什么这些费用不能抵扣呢？根据财政部税务总局《增值税暂行条例》第八条和财税[2016]36号文件规定，用于非增值税应税项目、免征增值税项目、集体福利或者个人消费的购进货物劳务服务，其进项税额不得抵扣。以大前年某省税务稽查数据为例，企业债发行中罚息不能抵扣占比约15%，违约金占比约8%，滞纳金约5%。比如某上市公司因迟交债券利息被处罚的20万元罚金，税务部门在2021年稽查中明确要求补缴税款。不能抵扣的日常管理费占比更高，某省2020年数据显示，企业债发行中办公费差旅费等管理费不能抵扣比例达37%。这些规定主要是为了防止企业通过债发行套取税收优惠，比如某城投公司曾尝试将30%的办公费计入债券发行费用试图抵扣，最终被追缴税款1200万元。