企业给学校开票税率一般是3%或9%两种。如果是购买货物或服务，税率3%是针对学校这类非营利组织的；要是买设备或长期服务，税率9%属于正常增值税税率。开票得先看合同约定，再查学校性质，看开票方资质。

为啥是这个税率？根据财税[2016]36号文规定，非营利组织采购货物服务适用3%简易计税，但需提供资格证明。比如某企业大前年给中学开办公软件，合同价50万，开票税率3%实付15万增值税。要是学校没资质，开票方得按6%税率补税。数据显示2021年全国教育系统采购免税开票占比78%，但仍有22%因资料不全被追缴税款。开票时得先问学校有没有《非营利组织认定证书》，再确认合同里写没写税率条款。要是合同没明确，默认按3%走，但得学校配合提供证明，否则可能被税务系统标记异常。