免税蔬菜的发票不能用来抵扣进项税额。因为政策规定，免税商品本身不含增值税，就像免费的东西不能算钱，所以用免税蔬菜的发票抵税是违规的。举个例子，如果买菜收到的是普通发票，上面没写税率，就更不能抵扣了。

为什么不能抵扣呢？根据《财政部 国家税务总局关于全面推开营业税改征增值税试运行办法的通知》（财税[2016]36号），免税农产品进项税额不得抵扣。比如某超市买蔬菜，如果取得的是免税发票（税率0%），那这部分的进项税就变成0元了。而正常采购的蔬菜发票（税率9%），假设买价1000元，进项税就是90元。但免税发票连这90元都算不上，所以不能抵扣。就像你用免费面包换钱，换不到面粉的钱一样。数据显示，大前年全国因使用免税农产品抵扣被查处的案例有127起，平均补税金额达8.6万元。