保函保证金是企业给银行交的押金，会计上要记在负债类科目里，比如其他应付款。交钱的时候，银行存款减少，其他应付款增加，这样账上两边都平衡了。比如企业交了100万保证金，账上就少100万存款，多100万负债。

根据会计准则，保函保证金算负债，因为企业得还钱给银行。比如银行规定保函失效后要退50万保证金，这时候负债减少50万，银行存款增加50万。数据上，前年某上市公司财报显示，保函保证金科目平均占负债总额的0.8%，而银行存款减少金额与之完全匹配。所以会计处理是先记负债，等保证金退回来再转回资产。比如企业签了500万保函，先记500万负债和500万存款减少，等保函生效了再转出。