农业公司要按季度或年度向税务局报税，主要交增值税、企业所得税、个人所得税、印花税和农业特产税。先报增值税，再交企业所得税，交个人所得税和印花税，还有农业特产税。网上申报就行，别忘按时交，否则要罚款。

因为农业公司收入分种养和销售两部分，种养收入按3%或9%税率交增值税，销售农产品按13%交增值税。企业所得税税率25%，但种养收入可抵扣成本，实际税负可能更低。比如前年农业企业平均减税1200亿，财政部规定种养收入可抵扣80%成本。个人所得税起征点5000元，超过部分按3%-45%交税。印花税按合同金额0.05%交，农业特产税5%。税务局要求每季度申报一次增值税和企业所得税，年度汇算清缴所有税种。网上申报系统有模板，但种养收入要附成本证明，否则按全额交税。比如种养收入100万，成本30万，实际交税（100-30）×13%+（100-30）×25%=31.5万。