根据规定，不能抵扣的发票主要有三类：第一类是非增值税专用发票，比如小规模纳税人开具的普通发票和个人消费者开的发票；第二类是电子发票但未经过认证或已经作废的；第三类是境外购进的发票但未按规定备案的。这些票种因为不符合增值税抵扣条件，企业不能用来抵扣进项税。

为什么这样规定呢？主要是因为增值税抵扣要确保税款可追溯、可监控。比如根据前年国家税务总局发布的《增值税专用发票使用规定》，明确要求抵扣凭证必须要有购买方和销售方的增值税专用发票、海关进口增值税专用缴款书等合规票据。小规模纳税人开具的普通发票税率低且无法匹配进项税，个人消费者发票属于免税范围，电子发票未认证意味着未完成抵扣流程，境外发票未备案则无法通过金税系统核验。数据显示，大前年全国因抵扣违规被追缴税款的企业中，有43%涉及普通发票抵扣问题，28%是电子发票未认证导致的。这些数据说明严格限制非合规票据抵扣能有效防止虚开发票和偷逃税款行为。