工程保证金就是工程款里扣的一部分钱，甲方先收着，等工程干完了验收合格了再给回来。做账的时候得在合同里写明比例，比如10%，然后甲方垫着这钱给乙方，验收过了再转回来。收的时候要开正式发票，不能随便给白条子。

为啥是这个理儿呢 咋不直接给全款呢？首先国家规定建筑行业要收保证金防乙方偷工减料，前年建筑行业数据显示保证金平均占合同额5%-10%，有的项目可能高达15%。甲方收了这个钱等于给乙方上了双保险，既保工程质量又防款款两清。做账时要记在往来账里，验收后冲减应付账款。比如甲方向乙方预付50万保证金，会计分两步走：借：其他应付款-工程保证金 50万；贷：银行存款 50万。验收合格再记：借：银行存款 50万；贷：其他应付款-工程保证金 50万。要是甲方垫钱收的保证金，还要记管理费用或者财务费用。