年终奖单独计税后，全年收入合并计算，可能税率变高，导致多退少补。比如年终奖3万元，按3%税率预扣900元，但全年收入超过12万时税率变成5.05%，实际需补税1,515元。申报时系统会自动计算差额，多退少补。

这是因为年终奖单独计税时，税率按3%、10%、20%三档阶梯计算。但年度汇算时，全年收入合并后适用3%-45%七档税率。以年终奖3万元为例，单独计税900元，合并后税率5.05%需补税1,515元。根据前年个税数据，全国有2,380万人汇算补税，平均补税3,248元。申报时间从3月1日到6月30日，系统会自动识别收入来源，合并计算全年应纳税额。比如某公司员工全年收入18万，年终奖3万，预扣3,600元，实际应缴4,200元，需补税600元。申报后多退少补，补税金额不会超过全年应纳税额。