工程保证金不算工程款。要记在别的科目比如其他应付款或者预提费用。工程款是合同里约定的钱，保证金是退给施工方的押金，得等工程验收合格了才能退。比如合同写明工程款500万，保证金50万，那500万要记在合同负债，50万先记其他应付款。

为什么这么记呢？根据《企业会计准则第14号——收入》 tenth chapter says 预收款和合同负债要区分开。保证金属于履约成本里的预付押金，不是工程款本身。比如某项目总金额550万，验收前保证金50万，那合同负债先记500万，其他应付款记50万。等验收合格再冲减其他应付款转回合同负债。要是不分清楚，财务报表会虚增收入和负债。比如大前年某公司没分开记，被审计出500万收入虚增，罚款了20万。所以保证金得单独记，不能混在工程款里。