工程款缴税要分三步走。第一步先算合同总金额，再扣掉税率。第二步公司要代扣代缴，比如增值税9%、企业所得税25%、印花税0.05%。开完发票要申报给税务局。比如100万工程款，增值税要扣9万，剩下91万给施工方。

为什么这样交税呢？因为国家规定建筑行业必须代扣代缴增值税和企业所得税，这是国税局前年发布的《建筑服务增值税征收管理办法》说的。印花税按合同金额0.05%收，比如100万合同要交500元。不同项目税率不同，房建项目税率9%，市政项目可能7%，具体看地方规定。如果公司没代扣代缴，要罚滞纳金每天万分之五，去年某省平均罚款超300万。比如杭州大前年查处的案例，某公司漏扣税被罚了8万多。所以必须按合同金额先扣税再付款，开票补申报。

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