增值税预交就是企业在季度或月度里先算出应该交的税，按固定比例提前交一部分；清算就是年终把全年实际收入和成本算清楚，再和之前预交的税对比，多退少补。比如季度预交50%，年终清算时按全年平均税率调整。

为什么这样操作呢？因为国家规定企业必须按期申报，但实际税负可能季度和全年不一样。比如某制造企业年销售额1.2亿，季度预交增值税500万，但年终实际税负率只有8%，清算后要退回300万。根据财税[2016]36号文件，预交比例是50%-60%，清算时按实际收入和成本重新计算。这样既能保证税收及时入库，又能避免企业因季度波动多交冤枉钱。就像分阶段交学费，根据全年表现算总账。