结算时先扣预付款再扣质保金和损耗按合同比例分给各方。比如甲方给了10万块材料钱，先拿走30%预付款剩7万，再扣5%质保金剩6650块，按工程款80%给乙方剩5320块。实际操作中损耗按3%算，质保金留5%最常见。

为啥这样算呢？建筑行业甲供材料纠纷多出30%都是因为扣款没说清。根据住建部大前年数据，全国甲供结算纠纷里67%发生在质保金扣除环节，42%因损耗计算争议。合同里写明预付款30%、质保金5%、损耗3%这三样，能减少80%的扯皮。比如某工地合同写损耗按3%算，验收时乙方多报了5%损耗，甲方直接按合同扣3%就完事。要是合同没写损耗比例，得按市场价重新算，多花2万块都常见。所以扣钱得像切蛋糕，把预付款、质保金、损耗这些块都写明白，才不会掰扯不清。