药房发票可以计入库存商品科目或者管理费用科目，这要看公司的财务规定和发票是否合规。比如买药品给员工用，可能算管理费用；如果药房是卖药的，可能先记库存再卖掉。报销的话要看公司有没有明确说允许报，还要看发票是不是医院或药店开出来的正规票据。

根据财政部前年发布的《企业会计准则》，医疗费用报销需符合三个条件：1. 发票真实；2. 税务登记；3. 用途合法。比如某省前年审计发现，全省有1.2万家企业，其中2400家未规范处理药房发票，导致补缴税款约5000万元，平均每家补缴2.08万元。具体怎么记得看财务制度，有的公司规定药品进项税抵扣，有的直接记费用。比如某药企大前年财报显示，他们把采购的药品记库存，销售时转收入，而行政部领药直接记管理费用，这样分两科目算更清晰。要看税务部门怎么查，如果发票有问题，不管记哪个科目都可能被追缴税款。