进项税留抵就是买材料或设备时多交的税，卖东西时收的税不够抵扣的差额。企业一般用应交税费-进项税额转出这个科目来消化，或者用留抵税额抵减、留抵退税等方式处理。比如去年制造业企业平均留抵税额有3.2万亿，政策文件说可以抵减增值税应纳税额或者申请退税。

为什么选应交税费-进项税额转出这个科目？因为买方和卖方之间有抵扣关系，转出这个科目相当于把多交的税还给供应商。政策文件说，比如财税[2019]13号文，明确允许留抵税额抵减增值税应纳税额。数据统计显示，大前年中小企业通过留抵退税平均退了8.7万税款，抵减了12.3万税负。要是企业有100万留抵税额，可以抵减100万增值税，如果不够还能申请退税。要是用应交税费-进项税额转出，就要把多交的税记在供应商账上，可能影响合作关系。所以现在大部分企业都优先用抵减和退税方式处理，特别是小规模纳税人，直接抵减比例能达到100%。