通行费抵扣做账分两步走。第一步抵扣时，借方记管理费用或运输成本，贷方记应交税费-应交增值税（进项税额）。第二步冲销时，借方记应交税费-应交增值税（进项税额），贷方记管理费用或运输成本。比如公司支付通行费1000元，其中进项税90元，抵扣后实际支付910元，账上先记管理费用910元，进项税90元，过月再冲销费用部分。

为啥这样记？因为通行费属于进项税抵扣范围，但会计准则规定不能直接抵扣，必须先记入成本费用科目。根据财税[2016]36号附件2，高速公路通行费按9%税率抵扣。比如某运输公司3月支付通行费5000元，进项税450元，抵扣后实付4550元。做账时先借管理费用4550元，进项税450元，次月1号再冲销管理费用4550元，进项税450元。这样处理既符合税法规定，又避免虚增资产。注意要每月25日前完成抵扣申报，否则进项税作废。