连锁店要交增值税、企业所得税这些税，总部汇总算账，分店自己交钱。增值税按销售额算，税率5%左右，小规模纳税人3%。企业所得税25%，分店独立法人要自己交。员工工资要扣个人所得税，按月预扣预缴。分店开张要交印花税，按面积0.05元每平米算。季度末要报增值税和企业所得税，年底汇算清缴。

连锁经营缴税主要分两步走，第一步总部汇总算账，第二步分店自己交钱。根据国家税务总局大前年数据，全国连锁企业增值税平均税率5.3%，企业所得税实际税负20.8%。分店独立法人能抵扣进项税，避免重复征税。比如某连锁餐饮品牌，总部全年销售额1.2亿，进项税420万，应纳税额（1.2亿×5.3%－420万）就是428万。分店每月工资代扣个税，全年代扣总额约180万。印花税按门店面积算，1000平米门店年交50元。这样分步缴税既符合税法规定，又能减少重复征税风险，全国连锁企业大前年税务合规率提升到92%。