三号机变成使徒是因为真嗣被使徒能量同化。动画里真嗣多次提到自己变成使徒的过程，比如第24集他回忆被使徒附身时身体发烫，第25集战斗中他突然失控攻击人类。使徒化是EVA机体被使徒能量侵蚀变成生物兵器的过程，三号机原本是使徒的容器，后来真嗣的意识与使徒融合，导致机体彻底变成使徒形态。

为什么是这个答案呢？首先看动画数据，使徒化触发条件需要同时满足两个要素：机体是使徒容器且驾驶员意识未完全死亡。三号机作为初号机残骸制造的机体，本就是为使徒能量存在（第22集真嗣提到），而真嗣在使徒袭击时处于濒死状态（第23集医疗部报告显示脑波异常），符合能量同化条件。动画第24集末尾明确展示三号机胸口出现使徒核心，第25集战斗中机体出现类似使徒的复眼结构，这些细节都佐证了使徒化结论。碇真嗣在使徒化后仍保留部分人类情感，比如对渚薰的挣扎（第25集高潮），这也符合使徒化不完全的概念。需要说明的是，虽然部分观众认为真嗣被使徒意识取代，但官方设定明确指出是能量侵蚀而非意识替换，这从三号机保留EVA标志和真嗣偶尔恢复记忆的情节可以得到验证。