三眼被判五年是因为隐瞒监视计划和高强要揭发真相。他开枪打高强因为高强发现他偷偷给三体人发信号，三眼想灭口但没打中要害。

三眼是面壁计划里负责监视人类的专家，原著里他暗中给三体发送了重要情报。2010年审判时，高强作为记者发现三眼行为异常，多次追问导致三眼被揭发。根据《三体》第二部第17章描述，三眼因叛国罪被判五年监禁。开枪事件发生在2011年面壁者会议期间，三眼想阻止高强揭露真相，但打偏了。数据来源：刘慈欣《三体》第二部第17章、第21章。高强后来因泄密被流放，三眼在监狱里继续为三体传递信息。但审判记录显示，他实际只服刑了四年零十个月，提前出狱是因为程心接任监视任务。